پس‌از دو دوره برگزاری موفق کنگره بین‌المللی نهج‌البلاغه، در آستانه برگزاری سومین دوره این کنگره، به پشتوانه بلوغ ساختاری و پیشینه تجربی و با هدف نظم و تواتر در برگزاری کنگره، دبیرخانه دائمی کنگره بین‌المللی نهج‌البلاغه تشکیل شده است. مقر دبیرخانه دائمی بنابر هویت اصفهان به‌عنوان شهری باستانی و دارای تمدن دیرپا آمیخته با هویت اسلامی از معماری تا ادبیات و خوش‌نویسی و نگارگری و باسابقه پایتختیِ فرهنگی جهان اسلام، در این شهر و در دانشگاه آزاد اسلامی اصفهان مستقر خواهد بود که مبتکر برگزاری کنگره بین‌المللی نهج‌البلاغه بوده است.

این دبیرخانه وظیفه همکاری با کمیته علمی به منظور انجام کلیه امور اداری مربوط به دریافت، داوری و تایید و صدور گواهی آثار علمی از طریق این دبیرخانه خواهد بود. مسئول دبیرخانه دائمی زیر نظر دبیر اجرایی کنگره دیگر امور علمی و اداری را نیز بنابر مصوبات داخلی کنگره، پیگیری خواهد نمود. در کنار کارگروه رسانه و ارتباطات که مسئولیت ارتباطات جمعی را برعهده دارد، ارتباطات برون سازمانی کنگره در زمینه‌های علمی زیر نظر دبیران علمی و اجرایی در قالب مکاتبات رسمی از طریق دبیرخانه دائمی صورت خواهد گرفت.